ในระหว่างกระบวนการผลิตอิมิดาโซล น้ำเสียบางส่วนจำเป็นต้องได้รับการบำบัดก่อนจึงจะระบายออกสู่ภายนอกได้ ขั้นตอนการบำบัดน้ำเสียมีดังนี้ ขั้นแรกต้องมีถังบำบัดน้ำเสีย น้ำเสียจะถูกปล่อยลงในถังบำบัดน้ำเสีย และหลังจากเกิดปฏิกิริยาเคมีในช่วงระยะเวลาหนึ่ง วัตถุดิบที่ใช้ในการผลิตอิมิดาโซลภายในจะทำปฏิกิริยากัน และสารอันตรายบางชนิดจะหายไปหลังจากปฏิกิริยาเหล่านี้ หลังจากการตกตะกอนปริมาณหนึ่ง สารที่เป็นของแข็งบางชนิดที่อยู่ข้างในจะจมลงสู่ก้นสระ และเราสามารถทำความสะอาดสารที่เป็นของแข็งเหล่านี้เพื่อทำให้น้ำใสขึ้นมาก การบำบัดด้วยปฏิกิริยาเพิ่มเติมจะสร้างน้ำใสที่มีสารเคมีจำนวนเล็กน้อย ซึ่งสามารถบำบัดเพื่อกำจัดสารที่เป็นอันตรายได้ ขณะนี้แผนกคุ้มครองสิ่งแวดล้อมมีข้อกำหนดสูงสำหรับน้ำที่ปล่อยออกโดยผู้ผลิตอิมิดาโซล ดังนั้นผู้ผลิตแต่ละรายจำเป็นต้องซื้ออุปกรณ์ป้องกันสิ่งแวดล้อมครบชุด